俄国舰队从金兰湾出发，意味着暂停了约2个多月的战争又将展开，而且由于这次有了华东政府的介入，使得战局也变化更为复杂。
华东政府和俄国都充份的利用这段暂停的时间，为下一步的战争做好了充份的准备，而做为日俄战争的另一个当事国日本，也同样没有闲着。
早早收兵回国的联合舰队首先经过了3个月的修整，军舰都进行维修保养，恢复正常的性能，而水兵轮流休假以养精蓄锐。在2月份的时候，联合舰队全军集结，以俄国第二太平洋舰队为目标，展开了紧张的训练演习，重点在于炮术的训练，因为在第一阶段的战斗中，联合舰队暴露出来的最大问题是命中率太低，在炮战中仅仅只击沉了一艘装甲巡洋舰，因此炮术训练变得愈发严酷。
东乡平八郎提出了一个著名的练兵宗旨——“百发百中的一门大炮要胜过一百门百发一中的大炮”。并且在联合舰队中实行月月火水木金金训练。原来在日语里从星期日到星期日六分别称为日耀日、月曜日、火曜日、水曜日、木曜日、金曜日、土曜日。日耀日和土曜日就是星期日和星期六，而月月火水木金金，就是没有日耀日和土曜日，也就是没有了星期日和星期六，一周七天没有休息，全都进行训练。而每天的炮术训练达5个小时，仅实弹演习就安排了八次，而这样疯狂的训练，使得所消耗的炮弹已经超过了日本国内炮弹储备的半数。
而在陆军方面，日本在辽东半岛投入的兵力超过50万，其中作战部队达35万左右，布置在沈阳一线与俄军对持的军队达20万，布置在辽河东岸防备人民军进攻的兵力约为7万，旅顺的守军为3万余人，其余的兵力则分布在辽阳、铁岭等几个关建节点上，而在朝鲜半岛上还有约10军队做为后备兵力。因此尽从兵力上说，日本投入的兵力丝毫也不弱于俄国和华东政府，不过由于地理位置的劣势，使得日本有些被动，在北西两线均只能选择守势。
不过就在俄国舰队离开金兰湾的第二天，明治天皇招集元老伊藤博文、井上馨，首相桂太郎、外相小村寿太郎、藏相松方正义、陆军大臣寺内正义、陆军部参谋总长山县有朋、海军大臣山本权兵卫、海军军令部长伊东佑亨等文武大臣聚议，讨论下一阶段战争的策略。
而这样的军政阵容，只有在日俄战争开战之前的御前会议才有过。打到这个时候，日俄战争开战己有15个月了，尽管日本不断在战场上取胜，但俄国却是始终打不死，而且还在向远东地区不断的集结军队、舰队，而战争进行到这一步，
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