凉山，北纬27°54′19”，东经101°48′46”。
如果不是事先掌握了组织的秘密，任何人都不会想到，在这荒无人烟、原始幽静的山林深处竟然隐藏着一座人工修建的研究基地，并且有近百人长期居住在此处。他们依靠外界补给的物资维持平时的生活，继续进行着在地下监狱里未完成的实验任务。
当初进入凉山选址，修建第一个实验基地——地下监狱的时候，组织的头目们已经为自己留好了退路。在修建地下监狱的同时，他们在山的另一侧建了一座备用研究所，想着万一哪一天监狱不能使用了，他们还可以转移到此处继续进行研究。
相比地下监狱而言，二号研究所的规模和设计的复杂程度都略微逊色一些。但是作为备用基地，其功能上完全可以满足他们的使用要求。
研究所主要由三大部分空间组成：
地下一层是后勤区域，用来储备生活物资，组织成员的饮食起居也基本在这一层得到了解决。研究基地由地下监狱转移到这里的时候，组织成员在人数上进行了大量的消减。因为不再需要那么多看管犯人的狱警和警卫，如今跟着他们一起驻扎在这里的辅助人员只有16人。其他人要么是拿了大笔的封口费，远走高飞，开始全新的生活，要么根本就不知道组织还有另外一个研究基地。
地下二层是关押犯人的地方。与之前的地下监狱不同，这里不是开放式的“古罗马竞技场”，没有巨大的活动中庭，也没有以假乱真的加工车间。整个负二层只是一个规规矩矩的长方形空间，两侧整齐有序地分布着四十间同等大小的牢房，中间由一条三米多宽的走廊隔开。
牢房原本是设计成四人一间，每个房间有两张上下铺，一个独立卫生间。但是经历了那场出其不意的监狱暴乱后，除去越狱成功和中途被打死的犯人，这里现在只剩下65名犯人（从去年10月份到现在还有因为药物副作用陆续死掉的犯人），所以四人间全都变成了两人间，还有个别因特殊情况独自居住的犯人。
实验项目败露后，犯人们都了解了自己当前的处境，知道他们所处的地方其实是一座假监狱。而关押他们的人跟他们一样，都是不折不扣的罪犯，其犯下的罪行甚至比他们还要恶劣数倍。
既然已经走到了最坏的一步，组织的人也就没有必要再继续装模作样下去。他们干脆将暗中的计划摆到明面上，不介意让犯人知道这里是一个研究所，所有被关押起来的人都是待观察的实验对象。除非是研究需要，犯人
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