１９８８年中央批准成立淮河流域水资源保护领导小组和相应的机构后，淮河水污染治理被列为国家“九五”计划治理“三河、三湖”之首。１９９５年，国务院发布了我国惟一一部流域性水污染防治法规《淮河流域水污染防治暂行条例》；１９９６年，国务院批复我国第一部流域性治理规划《淮河流域水污染防治规划及“九五”计划》。
综合有关资料，淮河流域水体污染治理法规建设重要举措还有：国务院有关部门先后颁布实行了《水污染防治法实施细则》、《淮河和太湖流域排放重点水污染物许可证管理办法(试行)》、《取水许可制度实施办法》等条例和规章；沿淮四省也先后制定了《安徽省淮河流域水污染防治暂行条例》、《山东省南四湖流域水污染防治条例》、《河南省污染源限期治理管理办法》、《江苏省排放污染物总量控制暂行规定》等多项地方性法规和规章，规范流域水污染防治工作。山东、江苏等省逐步建立健全技术规范体系。山东省自行制定了严于国家标准的《山东省造纸工业水污染物排放标准》，江苏省制定了水污染物总量控制技术指南、污染物总量控制监测规范等，为法律法规的实施提供了依据和保障。淮南等有地方立法权的地市，还建立了水污染防治的地方性法规。通过进一步努力，特别是确定大规模治理淮河水污染后的１０年，一支保卫淮河的行政、执法和水质信息采集管理队伍逐步建立起来。
流域各省县以上行政区划，陆续成立了环保局，下辖环境评审、环境执法等部门。信阳、淮南等市环保局办公大楼，在城区里位置显赫，建筑物气派非凡，折射出环保在同层次行政管理部门中的位置。正如河南省一位环保局负责人员所说：“我们的职责就是不能让老百姓喝污水、闻臭气、吃脏饭。”要做到这一点，没有一定的行政权力是不可能的。水资源与水质监测体系则是河流治理的基础，现已基本得到完善。淮河水文监测从清代就开始了。清康熙四十五年(１７０６年)，在洪泽湖大堤高堰村关帝庙前和淮阴老坝口，用石堤作为水志，以查验淮河洪水的大小；清乾隆二十二年，亦即１７５７年，江南河道总督为报汛，在长台关、周家渡、大埠口、三可尖等处设立水志。同年，在高邮湖码头设水志桩。这是淮河流域首批水位监测站。降雨观测始于清光绪三十二年(１９０６年)，在霍邱天主教堂开始。到清末，全流域有雨量站１处、水位观测站１４处。民国元年(１９１２年)，江淮水利测量局开始布设雨量站、水位站和水文站等。到１９２２年，全流域共有水
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